確定申告をする場合、書類は最寄りの税務署でもらえますし、国税庁のホームページからダウンロードすることもできます。必要な書類は、確定申告書B、申告書第三表（分離課税用）、株式等にかかる譲渡所得金額の計算明細書、特定口座を開設している場合は金融商品取引業者から送られてくる「年間取引報告書」や源泉徴収票などです。詳しくは、税務署の窓口で問い合わせてください。また、2月の日曜日には確定申告の相談会や受付もありますので利用されるといいでしょう。さらに、ネット環境が整っていればe-TAX（オンラインによる確定申告）も利用できます。税額控除の創設も予定されていますが、ICカードリーダー等の購入費用も発生しますので、あらかじめ調べておくとよいでしょう。
さて、特定口座の「源泉徴収あり」を利用している場合、申告したほうがいいのかどうかを見ていきましょう。
■申告した方が有利な場合
まず、株式の売却で譲渡損が出ている場合は、損失を翌年以降に繰越すために確定申告が必要です。また、複数の金融商品取引業者の口座で取引をしている場合に、譲渡益が出ている口座があれば、譲渡損が出ている口座と損益を通算することで税額を減らすことができます。損益通算して損失が出ているなら、損失の繰越も可能です。このように、一般口座や他の金融商品取引業者の特定口座との損益を通算する場合は確定申告が必要です。
また、平成18年分の所得税の定率減税枠に余裕がある場合（上限12万5,000円）は、確定申告することによって譲渡益にかかる税額の10％が戻ってきます。
最近では専業主婦が株取引で利益を上げている例も多くなりました。他に所得がない専業主婦の場合、株の利益から基礎控除などを差し引いて税額を計算できますので、申告により所得税の還付を受けることが可能です。
■申告することによるデメリット
しかし、専業主婦で譲渡益が38万円以上ある場合、夫の所得税を計算するときの「配偶者控除」の適用がなくなり、夫にかかる税金が増えることになります。この場合は、源泉徴収された金額と、申告した場合の税金の金額とを比較してみる必要があります。
また、譲渡益が出た場合、その金額が合計所得金額に合算され、扶養控除や配偶者控除、配偶者特別控除、住宅ローン控除などの適用を受けることができなくなってしまう可能性もあります。なお、「損失の繰越控除」で、各種控除の適用要件を判断する場合の合計所得金額は、繰越控除をする前の金額で計算されます。特定口座（源泉徴収あり）で申告をしなければ、課税関係は終了し、合計所得金額には含まれません。
このように、「特定口座（源泉徴収あり）」は、申告するかしないかは選択することができますので、どちらが有利になるかは総合的に判断した方がいいでしょう。
なお、上場株式の配当金については、平成15年4月1日から、発行済株式数の5%以上保有している大口投資家以外の者は、金額の多少に関わらず申告する必要はなくなりました。ただし、総合課税として申告することによって配当控除（税額控除）が適用されます。
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